从古细菌到内共生生物习，RNA润色近乎可以恒定生物习体脂质突变习活动的各个特别。20世纪初，通过本土药理习分解研究课题RNA的分成，发掘不止了阴氯离叔父RNA润色的最较早证据。这些发掘不止挑战了典范的界定。20世纪后半叶，福于表层明人的RNA第三组习的再次不止现和并能被采用，使得推断的RNA润色的将仅有量再次不止现了爆炸开放性的上涨，现阶段已计算不止来不止500多个以外匀分布润色。现今，将仅有据科习研究课题、机器习习和AI课题的原先计算不止来工较强望让研究课题人员在发掘不止属于自己RNA润色和并难以确定其功能开放性特别夺得重大成果。
译成后润色(PTM)是RNA一级骨架的阴氯离叔父本土药理习润色。这些润色最最常再次发生在RNA的侧链或N末末端，从而扭转其前提本土药理习分成。RNA润色避免的本土药理习分成多样开放性水平远远高于福本上适用标准所能达到的水平（绘不止1）。PTMs也是不宜逆的的，这使RNA本土药理习和功能开放性的密闭和时间段压制视作某种程度。
RNA润色对RNA功能开放性激发了更为多且不可忽视的冲击。一些润色较强相对于丰隆开放性、相对于特异开放性或高效开放性，而其他润色的心理不可避免已为不明了或最仅有才被发掘不止。事实上，随着属于自己RNA润色被发掘不止，RNA润色的将仅有量在此之后降低。日益多的RNA润色使这种恒定系统设计日益精细。在这篇综述当中，创作者首先回顾了不宜或缺PTM的历史背景发掘不止；整整，创作者适用将仅有据科习研究课题当中的工具箱来系统设计地量本土化阴氯离叔父RNA润色的生死今生；终于，创作者展望下一代并评估属于自己将仅有据科习研究课题和机器习习(ML)工具箱将在该课题展现的依赖性。
绘不止1 适用标准Corey-Pauling-Koltun着色协议刻划的20种RNA骨架：黑色：硅；金色：锂；蓝色：氮；黄色：硫；竖直：单键；粗新线：碳原叔父；氖被省略。
RNA润色的首次发掘不止
在20世纪，科习研究课题界对总括RNA的分成特别不感天份。科习研究课题家们主要适用酸分解等本土药理习分析方法，来并难以确定单个的本土药理习分成以及RNA当中的金属量。在在细期内的硅、氮和锂当中，一些RNA成分异最常高水平的磷。通过艰苦的统除此以外据分析本土药理习，Levene和Alsberg终究发掘不止RNA卵黄核糖体/卵黄酸当中的羧酸核糖体上长期存在羧酸本土化（绘不止2）。
鉴于20种典范当中的一些已为并未显然总括，较原本发掘不止的羧酸本土化相尤其值得一提的是。赖氨酸和生物合成分别在1922年和1935年才被显然总括。原本，羧酸本土化羧酸核糖体被看做一种属于自己，而不是一种润色。因为当时的研究课题未能并难以确定磷羟福的位置，是长期存在于羧酸核糖体的侧链还是其他位置。1932年，摩根Levene科习实验研究课题员赫尔·利普曼(Fritz Lipmann)的研究课题证明，羧酸底物与羧酸核糖体相连。Lipmann首先证明以外匀分布润色的特异开放性，为下一代引入推断PTMs适用范围的研究课题铺平了路面。
在随后的20年里，原先PTMs的发掘不止近乎未成果（绘不止2）：1951年并难以确定的羟甲福的骨架和分成，是30以前年度报告的一种药物当中“不得而知碱福”油脂。原先型PTMs的发掘不止和总括成果缓慢且系统设计难度大。因为PTMs有时候在本土药理习计量单位上极少不知，成分与RNA雷同且不牢固，所以成分统除此以外据分析和成像(NMR)发射光明人不适合统除此以外据分析大多将仅有PTMs。当时，不宜逆的PTM的分析方法论还未得到很好的拓展，所以一直长期存在一种论述，将羧酸羧酸核糖体来作一种鲜明的，而不是典范羧酸核糖体的不宜逆的润色。
直到20世纪50中期当前期，RNAPTM才视作科习研究课题古籍当中的一个鲜明分析方法论。1956年再次不止现一个重大突破：Dixon等人发掘不止阴氯离叔父羟福羧酸核糖体润色是不宜逆的的。后来，研究课题人员判读到羧酸核糖体羧酸本土化也较强值得注意的不宜逆的开放性。这些发掘不止为“高能键”的想法还包括了背书，即一种可以在分裂时被囚能量的想法，创作者现今其实这是一种幼苗分析方法论，可以暗示脂质原先陈葡萄糖的许多特别，较强奠福意味。
1970中期再次不止现了PTM发掘不止的爆炸式上涨，到1980年，现阶段推断的PTM当中约有40%已被发掘不止（绘不止2）。当时，润色被看做一种降低生命所无需本土药理习多样开放性的手段，而不是RNA恒定的不宜或缺功能。尽管如此，在PTM发掘不止的原本几十年当中，发掘不止许多PTM后来被指不止是RNA功能开放性恒定的也就是说分成外。
绘不止2 RNA润色的时间段核酸发掘不止每年推断的RNA润色的累积将仅有量
有关计算不止来分析方法和code，恳请参不知
润色的提不止、叙述及拓展
科习研究课题界在此之后争论不休PTMs是对最值得注意的润色，还是构成属于自己真于是以的非必无需。直到1977年，再次不止现一篇关于RNAPTMs原先兴课题评论者，该开创开放性评论者适用“只有20种福因解码，却被认定不止140多种”的字词。该篇对的本土药理习多样开放性透过信息化整理的较原本无论如何，通过查阅古籍、咨询同事以及字面上的计将仅有，计算不止来了140种各不相同的润色复合。甲福较强一共的以外匀分布润色，而支链、异支链和组氨酸以外未润色。一些润色被合理本土化为有“更为突出的暗示”，还包括丙酮酸被阴氯离叔父润色到词源核糖体活开放性亚福的RNA派生物习。其他例如N-α-甲福本土化某种程度多N-本土化和卤本土化润色，在当时并未推断的功能开放性。尽管该目录还包括许多那时候不被看做PTMs的物表层（例如tRNA），但它代表人了将PTMs精并未确界定为一个相当一定的首批无论如何之一。
在1970中期后期，PTMs的分析方法论仅限于了比那时候暗示的适用范围更加广的RNA润色。例如，频叛将酪氨酸的N末端去除被指不止与RNA羧酸本土化一样的PTMeffect将。直到1981年，二硫键的演化成才被看做一种值得注意PTM的催本土化过程，某种程度由脂质当中的并难以确定物表层催本土化。然而，被指不止直接参与RNA催本土化功能的瞬时羧酸核糖体润色不被指不止是PTMs。该课题将要发掘不止并界定以帮助关键在于这些原先改动的界定。
表层明人RNA第三组习与润色
尽管现阶段推断的PTMs当中近乎有一半在1980以前已被发掘不止（绘不止2），但RNA表层明人(MS)的再次不止现加速了该课题的并能成果。此前，MS主要最常用有机本土药理习，人工合成认定和终产物检验，以及天然本土化合物认定。但随着对RNA本土药理习暗示的系统设计革原先，RNA的统除此以外据分析和润色为MS的发掘不止做好了马上。高压电警棍高压电离(ESI)的拓展彻底扭转了MSRNA第三组习课题。该系统设计由Malcom Dole于1968年首创，可“温和地”高压电离大化学键以供MS统除此以外据分析。2002年诺贝尔本土药理习奖赢取者John Fenn和Koichi Tanaka对ESI-MS的有利于开发使PTM可以被灵敏检验，代表人了MS系统设计在RNA突变习当中的首次系统设计设计之一。
然而，这种在PTM研究课题当中的并能攻陷主导地位的原先系统设计原本相当能相当大提升原先PTM的发掘不止叛将。这是因为大多将仅有福于MS的PTM比对协议必须在样品统除此以外据分析之前对PTM透过非金属，而这反过来又必须洞察将要非金属的润色。此外，执行MS将仅有据必须选择与不感天份的特定PTM相对于应将的远距离运动速度。除此以外系统设计立即，阻碍了对并未总括PTM的并能检验。本来，MS激发的大外频叛将仍并未等价到推断的酪氨酸或酪氨酸-PTM一锂化氮，仅有年来已将其标示为“暗RNA第三组”。
但到1990中期，ESI-MS已认定不止许多属于自己PTM（绘不止2）。高频率特别的系统设计系统设计革原先使福于MS的研究课题并能量本土化相对于PTM水平和也就是说本土药理习计量单位。随着推断PTM的目录不断加强降低，这一原先发掘不止的议案也概述了许多PTM在恒定RNA活开放性当中的依赖性。
RNA润色的功能开放性研究课题成果
RNA润色以各种可以想象的方式将冲击RNA：激活、诱导、诱导、代谢等。因此，概述PTM的突变习依赖性的过程比比对认定它们更加难于。对PTMs的较原本研究课题只受限制对所叙述的润色透过某种程度的突变习意味猜测，并且在许多完全某种程度未无论如何重原先分配功能开放性。到1970中期，极少有PTM较强任何恰当日志的突变习依赖性。但RNA羧酸本土化和甲福本土化是相当大的例外，它们较强关键的功能开放性，并为进化暗示健康和得病因还包括了关键物证。
最较早并难以确定羧酸本土化和甲福本土化脂质功能开放性的研究课题撰写于20世纪当中叶的十年之内。这两种润色的研究课题必须一个牢固简单的研究课题系统设计、一种简单的PTM研究课题分析方法及可测量的结果。Sutherland、Fischer和Krebs原本发掘不止了羧酸本土化在羧酸核糖体a和b互不转本土化当中的依赖性， Allfrey、Faulkner和Mirsky研究课题甲福/其会甲福本土化。Sutherland和Wosilait从肝许多第三组织样本当中非金属羧酸本土化核糖体并测量放射开放性钼，得不止结论指不止羧酸本土化核糖体可以“赢取”放射开放性钼，从而刺激核糖体活开放性，并且是不宜逆的的。他们判读到羧酸本土化所致到肾上腺素的刺激，并所致到来自肾脏的不得而知“失活核糖体”的诱导。为了研究课题较原本突变物表层润色，Allfrey等人对洛杉矶湖人队骨髓脂质核透过了统除此以外据分析，统除此以外据分析了总突变物表层14C-草酸醋和14C-赖氨酸的依靠，也可以适用羧N-纤维素素铋从当中分立不止蕴含甲福/其会的突变物表层。他们证明，这些蕴含其会/甲福的突变物表层可以在不依赖RNA人工合成的完全并能甲福本土化，并且甲福本土化突变物表层以施打依赖开放性方式将诱导RNA人工合成。此时，该课题开始瞥不知PTM在核糖体促和非核糖体促核糖体活开放性、葡萄糖恒定、细胞器动力习以及它们如何为福础心理习当中必不宜少的下半身甲状腺频叛将当中的精细和关键依赖性。
随着MS视作比对和相对于RNA润色的主力，RNA第三组市区内羧酸本土化和甲福甲福本土化的亚福早已被确认。并难以确定这两个关键PTM的完备记事是并难以确定RNA第三组当中RNA润色的功能开放性不可避免的不宜或缺理应将。福因第三组二期工程的系统设计革原先、RNA润色核糖体的发掘不止和总括以及精细的计算不止来分析方法已视作并难以确定PTM功能开放性的小众工具箱，并为更加好地洞察PTM在进化健康和得病因当中的依赖性铺平了路面。
仅有期PTM拓展并能，现阶段早已发掘不止进化RNA第三组构成高达119,000个羧酸本土化亚福。对tau核糖体的研究课题是关于羧酸本土化如何扭转RNA功能开放性和冲击健康的一个值得注意范例。这些得病因统被称作tauopathies得病因，其当中研究课题一共的是阿尔茨海默得病，PTM集当中于这种与大脑和脑部中空脂质骨架特别的内在失调的微管联结核糖体。tau在脂质内的依靠，较早在20世纪就早已叙述过，是一种共同的解剖形态。这些聚集体当中所含tau和其他RNA的较原本标志开放性形态之一是相对于羧酸本土化，这稍早脑部原纤维素缠结演化成和感知能够上升。此外，tau的润色与26S核糖体核糖体体亚福和脑部原纤维素缠结当中的译成后润色核糖体三人依靠，因此证明脂质未能代谢tau是某些脑部退行开放性得病因当中再次发生的脑部毒开放性的不宜或缺。阿尔茨海默得病果蝇模型是通过对淀粉样前体核糖体透过福因润色而开发的，已被最常用研究成果课题体内内源开放性和得病因特别的tau润色，这种润色可以避免致得病开放性淀粉样核糖体Aβ1-42的依靠。这避免推断的tau润色不断扩大了三分之一。比对这些润色有助于系统设计研究课题特定PTM如何冲击tau功能开放性、代谢和聚集，并为针对tau激核糖体诱导的的测试铺平了路面。此外，由于tau可以用无将仅有PTM润色35%以上的残福，这些润色还包括小的本土药理习底物（羧酸本土化、甲福本土化、N-本土化）、RNA（乙酰福本土化、SUMOylation）和硅水本土化合物（O-GlcNAcylation、N -糖前提土化、糖前提土化），研究课题tau润色的多样开放性概述了PTM对RNA冲击的前提精细开放性，例如多重润色的来透过和拮抗effect将。
突变物表层是可润色的，并且可以扭转细胞器动力习，这一发掘不止促进了肝癌突变习课题的系统设计革原先。更为多的福因表达突变润色近乎可以恒定肝癌的所有形态。美国食品和抑药物管理局(FDA)早已批准针对负责管理突变物表层甲福容甲福本土化的本土低施打抑药物。对突变物表层润色功能开放性冲击的研究课题，为洞察其脂质依赖性功能还包括了福础。例如，脂质周期诱导核糖体p21的表达必须突变物表层H3和H4的过度甲福本土化，并且这种RNA润色在较强高水平HDAC表达的恶性肿瘤内当中被逆转。用HDAC诱导剂辛二甲福异羟肟酸（SAHA；伏立诺他）疗程不宜逆的转H3/4甲福甲福本土化的丧失，增加Myc原体进占总并降低p21表达，从而增加恶性肿瘤内转化。自2006年以来，伏立诺他（以及其他HDAC诱导剂）已被FDA批准为面部T脂质淋巴瘤的抗癌剂，更加多HDAC诱导剂将要针对各种肝癌相当一定的的测试当中透过评估。
除了HDAC活开放性外，甲福甲福稳态也所致甲福甲福集中于核糖体(KAT)的恒定，现阶段将要积极研究课题这些核糖体诱导剂的抗癌依赖性。甲福甲福本土化和甲福去甲福本土化都可以作为肝癌疗程的远距离，这说明PTM在脂质当中的功能开放性是精细的。事实上，福于RNA第三组MS研究课题证明，甲福甲福本土化与更为多的脂质过程有关，还包括DNA损伤修缮、脂质可逆、核糖体功能开放性和肌动核糖体脂质骨架重塑等。
因为PTM对脂质行为激发多种冲击，因此RNA润色可以促进进化得病因的拓展和成果也就不足为奇了。得病因特别PTM或RNA润色核糖体的研究课题为原先疗法做不止了功绩，并还包括了对PTM的前提突变习论述；然而，创作者对PTM在进化得病因当中的依赖性的暗示是不完备的。
PTM研究课题绘不止景
自1977年无论如何绘成PTM蓝绘不止以来的40多年时间段里，RNA润色真于是以爆炸式研究课题降低了创作者对PTM的丰隆开放性和精细开放性的认识（绘不止2）。因此，创作者着手更加原先创作者的暗示，并系统设计地量本土化以外匀分布RNA润色的将仅有量和开放性表层。创作者适用将仅有据科习研究课题的原先工具箱检索了UniProt库，该将仅有据库构成高达6000万个RNA核酸和特别释义，其当中还包括译成后RNA润色的“所致控名称表”。通过量本土化所有RNA润色，创作者现今计算不止来了500多个以外匀分布润色（绘不止3A）。尽管此统除此以外据分析当中代表人了所有20种，但羧酸核糖体、羧酸核糖体和甲福在释义润色当中构成的多样开放性仅有。值得一提的是的是，这个不断上涨的RNA润色沙罗的适用范围从运动速度的急遽变本土化（仅有900Da）到运动速度的负变本土化，与本土药理习严重损失相吻合（绘不止3B）。一个大，创作者信息化解说一些最最常不知和最不最常不知的润色。
绘不止3 RNA润色的现状
A，在所有20种RNA当中早已叙述了大约500种RNA润色；颜色代表人最频繁润色的“不宜或缺”；统除此以外据分析当中不构成RNA交联。将仅有据取自将仅有据库。计算不止来分析方法和code不知 。B，附加到RNA上的大量润色的产于。新线代表人运动速度的福频，加长放入1；rug-plot校验代表人个体运动速度。统除此以外据分析当中不构成RNA交联。计算不止来分析方法和code同上。
羧酸核糖体
尽管最最常研究课题羧酸核糖体羧酸本土化润色，但羧酸核糖体也长期存在大量其他润色。创作者统除此以外据分析并统计资料了70个以外匀分布润色（绘不止3A），其当中发掘不止了13个羧酸核糖体润色成分钼：1个是福本上的钼，12个是同时成分硅和钼的润色。此外，在羧酸核糖体上长期存在一系列精细的硅水本土化合物润色。例如，羧酸核糖体成分Ｏ-连通的、半乳糖、氨福和其他精细的不特别的硅水本土化合物。事实上，鉴于这些本土药理习外的本土药理习多样开放性和派生它们的更为多糖类适用范围，有时候不时会年度报告这些本土药理习外的运动速度。因此，该统除此以外据分析某种程度低估了福于羧酸核糖体的RNA润色的想像将仅有量。鉴于本土药理习开放性表层雷同，生物合成和酪氨酸与羧酸核糖体相差不远，分别进占总推断润色总将仅有的排名沙罗当中的第4位和第6位，在已比对的润色当中有更为大的重叠（绘不止3A）。
羧酸核糖体
羧酸核糖体的隆高压电叔父苯福醋是在当中发掘不止的最庞大的交好和底物，使其并能透过多种本土药理习润色。研究课题一共的羧酸核糖体润色还包括S-亚硝前提土化、S-谷胱甘酪氨酸本土化、S-仙人掌甲福本土化和S-法尼前提土化。创作者计算不止来不止羧酸核糖体有57种各不相同的润色（绘不止3A），适用范围从锂本土化还原严重损失和降低到长的上书水开放性骨骼肌润色。700多种重排开放性羧酸核糖体已被适用本土药理习突变习意图和交好高压电叔父探针相对于到较强推断抑药物靶点的RNA上，以及“不宜保健食品”的RNA上，还包括核苷酸因叔父、接头/螺栓核糖体和并未总括的RNA。这些发掘不止背书羧酸核糖体可以很易于地视作针对内源开放性生物习润色化学人工合成，还包括该亚福及邻仅有亚福的润色。
甲福
三个最严重润色的当中的终于一个是甲福：日志了47个鲜明的本土药理习外（绘不止3A）。甲福甲福本土化是研究课题一共的PTM之一，突变物表层甲福的甲福本土化是RNA润色的值得注意范例，较强并难以确定的功能开放性冲击。突变物表层甲福的甲福本土化被更为多指不止是压制细胞器进入以恒定福因表达的主要功能。在MS的背书下，较强里程碑意味的研究课题证明更为多的RNA甲福甲福本土化，还包括新线粒体RNA。在这些发掘不止在此之后，福于MS的研究课题在此之后概述将仅有百种RNA被甲福本土化。作为甲福润色的另一个范例，突变物表层N-本土化最较早在1960中期较原本被判读到。随后的文书工作证明，甲福（还包括单、二和三N-甲福）上的突变物表层和RNAN-本土化是进化健康和得病因当中的动态突变物表层标示。
其他
创作者现阶段对RNA润色的统除此以外据分析与值得注意概略的一个相当大歧异是本土药理习外的精确性和深度。所有20种RNA都用释义润色表示。一些润色非最常罕不知。在统除此以外据分析当中润色最少的苯丙氨酸日志的五种润色当中，只有一种被被称作3-羟福苯丙氨酸的润色与N末端无关。这种反常的润色在已撰写的将仅有据库当中极少不知，并且未推断的突变习功能开放性。这概述了在暗示RNA润色与功能开放性二者之间交好密关系特别的接下来挑战。尽管MS在测量RNA第三组当中的RNA润色特别更加更加加精细和脆弱，但创作者对这些润色的功能开放性不可避免的暗示有时候必须一次一个的追问分析方法。
PTM最原先成果
大多将仅有属于自己PTM研究课题始自得出：发掘不止侧链的雷同本土药理习形态背书了属于自己RNA润色的想法；其他人叙述了较强PTM集中于核糖体活开放性的原先核糖体；一些研究课题叙述了糖类的本土药理习重排开放性，这时会避免RNA的虚假润色。例如，仅有15以前发掘不止的一类属于自己羧酸核糖体润色，原本被称作S-(2-琥珀甲福)羧酸核糖体(2SC)，但现今更加最常被称作RNA琥珀本土化。这种润色通过羧酸核糖体苯福底物和三烷福可逆糖类隆马酸醋二者之间的迈克尔加成重排再次发生。羧酸核糖体和免疫恒定糖类衣康酸醋二者之间时会再次发生值得注意的重排，衣康酸醋与隆马酸醋一样，是一种较强α,β-不升高碳原叔父的烷福。
另一个范例是与直链羟福丙酮酸A比起，特定的羧福羟福丙酮酸A集合较强更加高的重排开放性。较强四个或五个升高硅主链的带负高压电荷的二烷福羟福丙酮酸A经历化学键内催本土化（即自分解），演化成烷烃和诱导丙酮酸A。这类糖类还包括琥珀甲福-CoA、戊二甲福-CoA和较强雷同骨架的CoA，例如HMG-CoA驱动核糖体HMG甲福本土化。
除了重排开放性羟福丙酮酸A几类值得注意，重排开放性羟福羧酸也润色RNA。1,3-双羧酸酸(1,3-BPG)是一种在NADH唯一可当中激发的重排开放性羟福羧酸糖类，可与该唯一可当中的几种RNA再次发生非核糖体促重排并避免3-羧酸福-甲福(pgK)润色（Moellering和克拉斯特林，2013年）。最仅有的另一项研究课题将氨甲福tRNA人工合成核糖体上的活本土化叙述为可以抑止RNA润色的重排开放性氨甲福腺苷酸（He等，2017）。值得一提的是的是，这项研究课题发掘不止所有20种核糖体氨甲福tRNA都长期存在更为多的甲福润色。创作者得不止结论，活本土化的羟福羧酸酯键某种程度受限制假RNA氨甲福本土化。
这种得出分析方法驱使了几个原先PTM的发掘不止和检验。显然一致而言，评估本土药理习雷同开放性较强接下来发掘不止的前所未有潜力。最仅有的研究课题证明，羟福集中于核糖体的杂乱开放性可以催本土化将几个羟福底物移除到RNA上。因此，创作者适用羟福丙酮酸A在本土药理习上与推断的核糖体促和/或非核糖体促派生的RNA润色雷同的前提原理，从进化葡萄糖第三组将仅有据库当中量本土化了推断的羟福丙酮酸A糖类。创作者的统除此以外据分析计算不止来了361种羟福丙酮酸A，仅限于了234个鲜明的黏度（绘不止4），歧异是由于立体异构体较强相同的本土药理习骨架但其原叔父的密闭排列各不相同。这些羟福丙酮酸A几类较强各不相同的本土药理习特开放性，有时候根据这些特开放性分为各不相同的相当一定（绘不止4）。通过将进化葡萄糖第三组将仅有据库当中发掘不止的所有羟福丙酮酸A几类的运动速度与推断甲福润色的运动速度透过尤其，创作者发掘不止将近10%的重叠（361个当中的27个；绘不止5A），证明来自羟福-CoA几类可以在RNA上看到。
绘不止4 推断的羟福丙酮酸A几类
进化所有推断羟福丙酮酸A糖类的链长和本土药理习开放性表层。将仅有据取自。计算不止来分析方法和code不知。
绘不止5 得出的RNA润色
A，将来自进化葡萄糖第三组将仅有据库的羟福丙酮酸A与推断运动速度也就是说的甲福润色透过尤其。B，检索进化葡萄糖第三组将仅有据库当中推断的活开放性羟福羧酸酯、硫酯或羟福，并绘成附加到RNA的某种程度硅将仅有。将仅有据取自。计算不止来分析方法和code不知。
将这些统除此以外据分析引入到羟福丙酮酸A几类值得注意，上述进化葡萄糖第三组将仅有据库的调查概述了600多种较强高重排开放性的糖类，在此被称作活开放性硅几类（RACS；绘不止5B）。尽管并非所有这些都与RNA润色有关，但针对这些RACS的研究课题某种程度时会发掘不止它们附着在RNA上。事实上，这种得出意图此前曾最常用将甲福戊二甲福本土化认定为真于是以的RNA润色。
尽管必须一次一次改动的分析方法来检验PTM得出，但最仅有的一项研究课题发掘不止这种普遍开放性的一个例外，其用意是适用多尺度文书工作流程来总括真核生物生物习当中的RNA润色，该统除此以外据分析首先并难以确定了大肠杆菌葡萄糖网络当中的恒定节点，然后暗示了可以通过RNA润色透过恒定的候选物。为了总括润色亚福对脂质的冲击，他们适用多重自动本土化福因第三组二期工程(MAGE)来突变假定的，以精心设计分成开放性润色或并未润色的。这种分析方法必须注意的是精心设计润色的突变不能毫无疑问地再现想像的润色。然而，他们在统计挑选当中尝试评估了脂质适应将开放性的整体变本土化，并对三种优先慎重考虑的候选大肠杆菌RNA透过了后续研究课题。本研究课题当中的系统设计拓展某种程度有助于关键在于研究课题20种的500种以外匀分布润色所固有的精细开放性。
PTM的下一代
尽管它们很精细，但RNAPTM在脂质行为和进化得病因当中展现的关键依赖性，使他们将要透过的研究课题视作生物习医习科习研究课题的优先应。从1980中期开始，MS-RNA第三组习研究课题的更为多系统设计设计引起了PTM课题的极大天份和洞察。尽管MS对PTM研究课题的功绩很难被夸大，但PTM的动态和不牢固开放性表层在此之后给科习研究课题家助长鲜明的挑战。酪氨酸绘不止启发式的原先成果将要关键在于完成PTM课题的艰难任务。这些帮助为创作者对PTM突变习的暗示再次爆发打好了福础。
福于MS的RNA第三组习研究课题的小型化，还包括PTM的发掘不止，与计算不止来工具箱的适用密切特别。在福于MS的RNA第三组习开始将近十年后，Sequest被开发最常用根据参照RNA将仅有据库自动比对RNA。Sequest和后来的Mascot当中的自动相加酪氨酸重原先分配启发式，做到了福于MS的RNA第三组习的并能引入，并为PTM的认定还包括了一个有吸引力的唯一可。通过将（判读到的-在细期内的）运动速度集中于合并到改动后的参照RNA第三组当中，可以改动这些启发式以检验简单的推断PTM。尽管如此，很大一外酪氨酸段表层明人无论如何可疑地并未重原先分配。为了研究课题RNA第三组的这种“强叔父”，查询启发式被设置为受限制前体氯离叔父有更加更为多的耐所致开放性，被指不止构成润色的酪氨酸，同时无论如何保持相对于特异开放性的碎片氯离叔父运动速度设置。这种分析方法在2015年做到了发掘不止PTM记事的潜力，当时Sequest查询密闭被引入以追问±500Da的“开放”前体氯离叔父明人，这受限制查询运动速度润色完全相同将于90%以上的推断酪氨酸段PTM（绘不止3B）。在RNA第三组的这个并未探索区里域内，发掘不止了与先前并未发掘不止的润色酪氨酸相对于应将的额外184,000个峰。这些润色还包括本土药理习（分开后）和生物习变本土化，还包括罕不知但关键的生物习润色，例如羧酸乙醇胺(GPE)润色的跨越因叔父1a2。本来，现有计算不止来工具箱在暗RNA第三组当中的原先系统设计设计扭转了PTM等价的前提分析方法。
虽然开放查询彻底扭转了PTM的发掘不止和串联MS将仅有据的等价，但仍有一些语言障碍阻碍了该课题真于是以密码PTM的格局。最值得一提的是的是“查询密闭”解决办法，这是将推断PTM等价到精细RNA混合物当中的酪氨酸的仅有语言障碍。虽然此前相对于简单的润色，例如羧酸核糖体残福的羧酸本土化，可以通过移除或不移除磷羟福的成分羧酸核糖体的透过研究课题，但同时等价多个PTM时会避免查询所有运动速度集中于复合的润色酪氨酸密闭红褐色指将仅有上涨。这是一个主要语言障碍，因为它降低了查询高频率，提升了比对润色酪氨酸的严重错误发掘不止叛将(FDR)，并大为延长了统除此以外据分析假定将仅有据集所无需的时间段。
第二个主要语言障碍是发掘不止此前并未释义的改动。PTM等价启发式根据参照将仅有据库（有时候是UniMod）重原先分配润色，该将仅有据库适用上述“所致控词汇表”对要针对每个已比对酪氨酸检索的以外匀分布润色运动速度透过撰稿人。因此，大多将仅有启发式不时会自动检验此前并未释义的润色，例如一些最仅有发掘不止的羟福润色。相反，这些必须用精确运动速度手动释义和查询。此外，对单个酪氨酸的两种或多种各不相同相当一定的润色某种程度未能比对合适的并未润色酪氨酸或严重错误地也就是说更加大的单个润色。
现阶段将要开发的计算不止来工具箱并能关键在于上述限制，同时无论如何仅有本土化开放查询密闭。例如最仅有撰写的被称作TagGraph的分析方法。为了关键在于上述典范启发式的语言障碍，开发了较强许多鲜明形态的TagGraph，将推断的PTM记事引入到进化RNA第三组当中仅有40,000种RNA润色。首先，它适用de novo开始和福于字符串的酪氨酸也就是说相联结的分析方法，de novo查找与并未润色RNA核酸显然也就是说的细酪氨酸核酸（“二叉树”），然后查询剩余的酪氨酸以安全检查索引上或附仅有的潜在润色集合。这种分析方法增加了启发式原本慎重考虑的“酪氨酸池”，从而使TagGraph并能在接下来时间段上对30个人体许多第三组织当中的2500万个RNA表层明人透过深度追问，这比典范查询启发式的能够要快得多。它在进化RNA第三组当中叙述的40,000个PTM润色了高达100万个唯一比对的酪氨酸，酪氨酸总将仅有降低了3倍，而从同一进化RNA第三组将仅有据集当中比对的润色酪氨酸降低了10倍。
为了减轻de novo查询平台当中值得注意的高频率严重损失，TagGraph中止了统计资料统除此以外据分析的远距离远距离FDR模型，而是系统设计设计一种被称作贝叶斯顶层期望仅有统除此以外据分析的经过检验的ML分析方法，该分析方法适用特别酪氨酸的14个形态来并难以确定。于是以因为如此，TagGraph的de novo分析方法并能执行更加更为多的查询密闭，这样做并能发掘不止此前并未比对的酪氨酸润色，并大为引入重原先分配给相对于润色RNA的润色将仅有量。例如，与之前的统除此以外据分析比起，五种主要突变物表层的酪氨酸润色降低了2倍，脯氨甲福羟前提土化降低了10倍。通过在此之后关键在于统除此以外据分析大量酪氨酸表层明人所陷入的计算不止来语言障碍，TagGraph和其他值得注意工具箱为创作者对PTM课题的洞察向前迈进了一大步。
PTM研究课题的下一代将不仅慎重考虑TagGraph等这些程序背书RNA第三组习，而且还慎重考虑MS器材的哪些特别有助于做到这种尝试。例如，在查询低分辨叛将表层明人时，TagGraph的统计资料统除此以外据分析机动开放性并能上升。这种限制更为重要了器材的补充小型化对于有利于的系统设计革原先也是必要的。事实上，色明人分立的小型化和高机动开放性表层明人仪的开发还包括了TagGraph准确开放性所必无需的高分辨叛将发射光明人，说明了系统设计与发掘不止二者之间的不宜或缺联系。
PTM根本原因
在过去的50年当中，PTMRNA第三组习课题以难以想象的速度拓展。串联、高分辨叛将MS现今很最常不知，可还包括多维色明人分立后并未消本土化的RNA混合物的发射光明人。TagGraph和其他酪氨酸比对启发式现今可以简单地释义带有多个PTM的酪氨酸而无无需样品非金属，并且并能从精细的RNA混合物当中量本土化PTM本土药理习计量单位。因此，PTM课题早已马上祝贺下一次飞跃，它围绕着两个主要解决办法：PTM记事究竟已被显然明人写？此外毫无疑问更加关键的是如何在如此辽阔的生态系统当中并难以确定单个PTM的功能开放性？
PTM记事叙述到什么程度？创作者指不止当在HEK293脂质当中适用开放式Sequest查询发掘不止185,000种润色酪氨酸时，事后对润色明人当中特定PTM的封闭查询前往了近乎两倍的命当中将仅有。这证明对暗RNA第三组的相对于脆弱查询某种程度时会激发最少两倍多的润色酪氨酸，同时适用TagGraph重原先统除此以外据分析该发射光明人和其他发射光明人可以还包括原先接收者。然而，即使近代启发式并能在整个发射光明人当中比对近乎所有的润色酪氨酸，创作者仍远并未并难以确定每个润色的几位或突变习意味。例如，在进化RNA第三组当中，TagGraph并难以确定了1700多个福本上的运动速度集中于（命当中界定为较强≥20个发射光明人计将仅有），大小适用范围从-148到+999.4Da，这些都不是推断的改动造成的。尽管这仅占总已认定的总改动明人的一小外（5.5%），但它说明了显然洞察改动后的进化RNA第三组的本土药理习成分某种程度有多么难于。
在如此辽阔的记事当中，科习研究课题家将如何并难以确定单个PTM的关键功能开放性？尽管PTM课题某种程度注定不时会恰当完备，但该课题已马上在创作者对PTM功能开放性的暗示特别迈不止关键的一步。于是以如上去外所辩论的，PTM近乎冲击脂质功能开放性的各个特别，从核糖体活开放性的细期改动到福因表达福因第三组的可突变变本土化。尽管可以在文书工作大屏幕以多种方式将正确地研究课题不感天份的PTM，但将仅有据科习研究课题分析方法对于无论如何背书不感天份的PTM或开始洞察原先叙述的PTM的特定突变习功能开放性更加日益关键。在对进化RNA第三组的统除此以外据分析当中，并难以确定了许多第三组织特异开放性润色，还包括原先生儿许多第三组织当中的突变物表层H4 R56二N-本土化。这一发掘不止证明H4 R56在开发当中较强鲜明的功能开放性。在另一个范例当中，同一研究课题福于GO相当一定当中构成的RNA的润色，将PTM金属量与福因方法论(GO)生物习过程和脂质区里簇特别联。这种分析方法无论如何了译成后其会N-本土化在就其RNA剪接的RNA上非金属，并且甲福润色在细胞核许多第三组织的GO相当一定当中构成的RNA上很丰隆。
将仅有据科习研究课题和机器习习在PTM统除此以外据分析当中的系统设计设计日益更为多，还包括从初级RNA核酸和更加精细的RNA形态得出功能开放性开放性PTM。例如，初级核酸PTM将仅有据与被称作SAPH-ireNN的ML人工脑部网络当中的三维(3D)RNA骨架接收者相联结，以得出功能开放性开放性RNAPTM的聚类和互不依赖性。由于PTM展现了如此更为多的冲击，ML启发式也可最常用发掘不止RNA第三组习、葡萄糖第三组习、福因表达福因第三组习和核苷酸第三组习将仅有据集当中的方式也，这些将仅有据集是在操纵候选PTM后生成的。这种分析方法已被最常用适用各种相当一定习将仅有据密码某些糖类诱导剂的依赖性方式也。福于ML的将仅有据复刻分析方法可以还包括有关将要研究课题的PTM的功能开放性冲击的有价值的接收者，并可以突不止特定改动下游的模块。例如，将糖类将仅有据作为ML训练集某种程度可以有利于发掘不止糖类派生的PTM，例如羟福丙酮酸A物种，这是一种日益被承认的PTM来源不明，可恒定更为多的葡萄糖和核苷酸过程。
里面辩论的因素都集当中在小型化创作者对单个时间段点的PTM记事的研究课题，并在许多单元当中平以外。终究，必须对RNAPTM透过动态的时空研究课题，以充分洞察它们在心理习和得病因特别的精细依赖性。在脂质二者之间或脂质内解析可以决定接下来时间段上脂质行为的PTM似乎是不宜想象的下一代。然而，最仅有的研究课题通过利用每个叔父习科助长的互补占总有优势夺得了令人振奋的系统设计革原先。显然一致而言，当前的MS成像方式也并能表达方式将许多第三组织内的密闭糖类产于，单脂质RNA第三组习最仅有已视作现实生活，并且随着时间段的消退，羧酸核糖体锂本土化的时间段分辨叛将早已在游离和体内做到。某种程度这个下一代相当远方。
结论
原本羧酸羧酸核糖体是在对RNA卵黄核糖体本土药理习成分的探索当中发掘不止的，同时再次不止现了并未做到的RNA润色世界。创作者对初级润色的记事暗示早已拓展到那时候推断的500多种润色（绘不止2）。尽管在属于自己RNA润色记事特别夺得了成果，但PTMs的精确性和深度还必须很长时间段才能系统化。创作者对每种润色的功能开放性不可避免的暗示更为依赖于，对改动究竟有助于心理唯一可种系统设计、究竟为解剖心理或两者兼有的暗示也更为依赖于。MS的系统设计系统设计革原先避免原先PTM的并能发掘不止。将仅有据科习研究课题和机器习习的最原先成果意味着创作者将要为PTM发掘不止的第二个拐点铺平路面（绘不止2）。现今，对RNA润色的查询早已从本土药理习转向计算不止来，从麦芽糖RNA的分成转向计算不止来机密闭当中酪氨酸运动速度的分成。对这一原先兴突变习课题的接下来研究课题某种程度时会讲出这个古老的解决办法：“它是PTM吗”？
值得注意不止处：
Keenan EK, Zachman DK, Hirschey MD.Discovering the landscape of protein modifications.Mol Cell. 2021 May 6;81(9):1868-1878
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